Yayasan Pembinaan Anak Cacat Palembang mempunyai struktur organisasi yang terdiri dari Dewan Pembina, Dewan Pengawas, Dewan Pengurus, Koordinator dan Penasehat Hukum. Yayasan ini dibina oleh Dewan Pembina yang terdiri dari Ketua dan 3 orang Anggota Pembina, diawasi oleh Dewan Pengawas yang terdiri dari Ketua dan seorang Anggota Pengawas, diurus oleh Dewan Pengurus yang terdiri dari Ketua Umum, Ketua I, Ketua II, Sekretaris, Bendahara, dan Wakil Bendahara, dikoordinator oleh Koordinator yang terdiri dari Koordinator Bagian Sosial, Koordinator Bagian Pendidikan, dan Koordinator Bagian Medik, serta memiliki seorang Penasehat Hukum.